东港溪：新园乡、东港镇

        北港溪：口湖乡、嘉义县东石乡

        八掌溪：嘉义县布袋镇、台南市北门区

        南仁鬱溪：满州乡

        四重溪：车城乡

        后劲溪：楠梓区

        鹿寮溪：满州乡

        重溪

        牛挑湾溪：口湖乡

        港口溪：满州乡

        加走寮溪

        旧虎尾溪：台西乡、四湖乡

        大武溪：大武乡

        保力溪：车城乡

        台南市

        清水溪

        狮子溪：枋山乡

        丹大溪

        志乐溪

        浊口溪

        卑南溪：台东市

        彰化县

        将军溪：北门区、将军区

        南势湖溪：枋山乡

        阿公店溪：永安区、弥陀区

        宝来溪

        菜寮溪

        北港溪：云林县口湖乡、嘉义县东石乡

        合欢溪

        荖溪

        郡大溪

        南湖溪

        乌溪：龙井区、彰化县伸港乡

        龙溪：布袋镇

        白水溪

        八掌溪：布袋镇、台南市北门区

        拉库音溪

        石牛溪：恆春镇

        屏东县

        前溪

        达仁溪：达仁乡

        曾文溪：七区、安南区

        番雅沟：线西乡、鹿港镇

        后堀溪

        竹坑溪：枋山乡、车城乡

        港子溪：满州乡

        嘉义县

        云林县

        九棚溪：满州乡

        溪仔口溪：满州乡

        卡社溪

        大溪：牡丹乡

        典宝溪：梓官区、楠梓区

        二林溪：芳苑乡

        爱河：鼓山区、苓雅区

        大湖口溪

        高屏溪：高雄市林园区、屏东县新园乡

        二仁溪：台南市南区、高雄市茄萣区

        枋山溪：枋山乡

        浊水溪：大城乡、云林县麦寮乡

        塔瓦溪：屏东县牡丹乡、台东县达仁乡

        浊水溪：彰化县大城乡、云林县麦寮乡

        社口溪

        万大溪

        盐水溪：安南区、安平区

        太麻里溪：太麻里乡

        旗山溪

        林边溪：林边乡、佳冬乡

        二仁溪：南区、高雄市茄萣区

        枫港溪：枋山乡

        前镇河：前镇区

        高屏溪：林园区、屏东县新园乡

        乌万溪（大鸟溪）：大武乡

        鹿耳门溪：安南区

        七溪：七区

        无水溪：满州乡

        埤日溪：满州乡

        猫罗溪

        美溪

        台东县

        陈有兰溪

        朴子溪：东石乡

        知本溪：太麻里乡、台东市

        十里溪：枋寮乡（地图未标示）

        三叠溪

区

        大竹溪：大武乡、太麻里乡

        刣牛溪：恆春镇

        隘寮溪

        急水溪：北门区

        汉宝溪：福兴乡、芳苑乡

        南兴溪：大武乡

        水里溪

        七里溪：枋山乡

        旧浊水溪：福兴乡

        大石盘溪（石盘溪）：枋山乡

        安良港大排（南势溪）：清水区

        安朔溪：达仁乡、大武乡

        内寮溪：枋寮乡

        社皆坑溪：车城乡

        乌溪：台中市龙井区、彰化县伸港乡

        太平溪：台东市

        拉布拉溪：太麻里乡

        高雄市

        南港溪

        率芒溪（士文溪）：枋寮乡、枋山乡

        旭海溪：牡丹乡

        塔瓦溪：牡丹乡、台东县达仁乡

        万丈深坑溪：满州乡

        乾溪：牡丹乡

        鱼寮溪：大城乡

        文里溪（北太麻里溪）：太麻里乡

        清水大排水沟（米粉寮溪）：清水区

        朝庸溪：大武乡

        利嘉溪：台东市

        津林溪（加津林溪）：大武乡

        眉溪

        洋子溪（洋仔厝溪）：鹿港镇

        后港溪：芳苑乡

        鹿野溪

        员林大排：鹿港镇、福兴乡

        金崙溪：太麻里乡

        新虎尾溪：麦寮乡、台西乡